En Chiapas, la población que delinque es fundamentalmente joven, los delitos que en mayor número se cometen son, homicidios, robos, daños contra la salud, fraudes, violación y secuestro; lo que ha ocasionado un grave deterioro no sólo en materia de seguridad, moralidad y salud pública, sino también en lo social y económico, es por esto que la evolución de las instituciones encargadas de garantizar la seguridad pública en el estado es una exigencia de la sociedad chiapaneca.

Con periódico oficial no. 063 de fecha 18 de noviembre de 1998, se crea la Subsecretaría de Seguridad Pública   para ejercer funciones en materia de seguridad pública y protección ciudadana adscrita a la Procuraduría General de Justicia del Estado.

El 08 de diciembre de 2000, se publica en el Diario Oficial No. 001, el decreto de la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Chiapas, la cual regula la organización y funcionamiento de la Administración Pública Estatal y establece las atribuciones de los organismos administrativos del Poder Ejecutivo del Estado; en esta ley se contempla la creación de la Secretaría de Seguridad, que se formalizo administrativamente, mediante dictamen No. SA/DDA/017/2001, con los órganos administrativos siguientes: Unidad de Apoyo Administrativo, las áreas de Informática, Transporte y Fortaleza, Asesoría Jurídica, Escuadrón de Rescate y Urgencias Médicas y las direcciones de Seguridad Pública, Policía Auxiliar y de Formación Policial, procedentes de la Procuraduría General de Justicia del Estado; así también se integra de la Secretaría de Gobierno, la Coordinación de Prevención y Readaptación Social, la Coordinación General de Protección Civil y la Dirección de Servicios Privados de Seguridad, así como la Dirección de Policía de Tránsito, adscrita a la Coordinación General de Transportes, dependiente de la Secretaría de Desarrollo Económico.

En este mismo documento queda plasmada la creación de los siguientes órganos administrativos: Coordinación General de Administración, Subsecretaría de Seguridad Pública, Unidad de Planeación, Unidad de Supervisión e Información, Unidad de enlace Interinstitucional y Unidad de Prevención del Delito y Política Criminal.

El 01 de septiembre de 2001, mediante dictamen No. SA/DDA/017/2001, se reorganiza en forma integral la Secretaría de Seguridad; se crea la Unidad de Comunicaciones y cambia de denominación la Dirección de Policía de Seguridad Pública a Dirección de la Policía Sectorial.

El 05 de julio de 2001, mediante dictamen No. SA/DDA/155/2001, se reorganiza y cambia de denominación la Dirección de Policía de Tránsito a Dirección de la Policía de Camínos y Tránsito, por lo que se crea la Policía de Caminos.El 13 de noviembre de 2001, se publica en el Periódico Oficial No. 77 el cambio de denominación de la Secretaría de Seguridad a Secretaría de Seguridad Pública. El 29 de abril de 2002, mediante dictamen  No.  SA/DDA/074/2002, se crea la Unidad para el Control del Estrés Policial Nandaburé, dependiente de la Oficina del C. Secretario.

El 29 de abril de 2002, mediante dictamen No.  SA/DDA/075/2002, se crea el Centro de Readaptación Social Nº 15 de Copainalá de Mezcalapa, Chiapas. El 24 de julio de 2002, mediante dictamen  No.  SA/1459/2002, la Unidad para el Control del Estrés Policial Nandaburé, cambia de denominación a Centro de Desarrollo Profesional y Familiar Nandaburé.

El 04 de septiembre de 2002, se publica en el Periódico Oficial No. 123, el acuerdo que crea la Coordinación de Prevención y Readaptación, como órgano desconcentrado de la Secretaría de Seguridad Pública.

El  14  de marzo de 2003, mediante dictamen No. SA/DDA/009/2003, se transfiere el Centro de Diagnóstico y Tratamiento de Menores “Villa crisol” y el Consejo de Menores, de la Secretaría de Gobierno, a la Secretaría de Seguridad Pública.El 01 de junio  de  2003,  mediante   dictamen No. SA/DDA/020/2003, se fortalece el Centro de Readaptación Social Nº 14 de Cintalapa.

El 16 de marzo de 2004,   mediante  dictamen No. SA/SUBAPyDA/DDA/085/2004, se reorganiza y cambia de denominación la Dirección de la Policía de Caminos y Tránsito a Subdirección de la Policía de Caminos; así mismo se incorpora a esta Secretaría y cambia de denominación la Coordinación General de Transporte, Tránsito y Vialidad, procedente de la Secretaría de Desarrollo Económico.

El 27 de septiembre de 2005, mediante dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/315/2005, se crea la Unidad de Apoyo Administrativo con sus áreas correspondientes; así como el área de Archivo de Concesiones en la Coordinación de Transporte, Tránsito y Vialidad.El 10 de enero de 2006, mediante dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/018/2006, se crea el Área de lo Contencioso Administrativo, de la Unidad de Apoyo Jurídico; y cambia de denominación la Subdirección Operativa a Coordinación Operativa dependiente de la Dirección de la Policía Auxiliar y Servicios Privados de Seguridad. 

EL 08 de Junio de 2006, mediante el dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/208/2006, se da la reestructuración orgánica de la Coordinación de Prevención y Readaptación Social con vigencia a partir del 16 de junio de 2006.  En el cual de cancelan los Centros de Readaptación Social No. 1, 2 y 6 de Tuxtla Gutiérrez.

El 13 de julio de 2006, mediante el dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/249/2006, cambia de denominación la Oficina del C. Coordinador a Oficina del C. Coordinador de Transporte, Tránsito y Vialidad, se cancelan las delegaciones de tránsito de Pueblo Nuevo, Altamirano y Tuxtla Chico, y se crea la Subdelegación de Tránsito Benemérito de las Américas.

El 11 de agosto de 2006, mediante el dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/276/2006,  se autoriza la creación del órgano administrativo Certificación y Registro Médico del Personal Operativo, y cambio de denominación del Escuadrón de Rescate y Urgencias Médicas a Grupo de Respuesta Inmediata.