En este mismo documento queda plasmada la creación de los siguientes órganos administrativos: Coordinación General de Administración, Subsecretaría de Seguridad Pública, Unidad de Planeación, Unidad de Supervisión e Información, Unidad de enlace Interinstitucional y Unidad de Prevención del Delito y Política Criminal.
El 01 de septiembre de 2001, mediante dictamen No. SA/DDA/017/2001, se reorganiza en forma integral la Secretaría de Seguridad; se crea la Unidad de Comunicaciones y cambia de denominación la Dirección de Policía de Seguridad Pública a Dirección de la Policía Sectorial.
El 05 de julio de 2001, mediante dictamen No. SA/DDA/155/2001, se reorganiza y cambia de denominación la Dirección de Policía de Tránsito a Dirección de la Policía de Caminos y Tránsito, por lo que se crea la Policía de Caminos.El 13 de noviembre de 2001, se publica en el Periódico Oficial No. 77 el cambio de denominación de la Secretaría de Seguridad a Secretaría de Seguridad Pública. El 29 de abril de 2002, mediante dictamen No. SA/DDA/074/2002, se crea la Unidad para el Control del Estrés Policial Nandaburé, dependiente de la Oficina del C. Secretario.
El 29 de abril de 2002, mediante dictamen No. SA/DDA/075/2002, se crea el Centro de Readaptación Social Nº 15 de Copainalá de Mezcalapa, Chiapas. El 24 de julio de 2002, mediante dictamen No. SA/1459/2002, la Unidad para el Control del Estrés Policial Nandaburé, cambia de denominación a Centro de Desarrollo Profesional y Familiar Nandaburé.
El 04 de septiembre de 2002, se publica en el Periódico Oficial No. 123, el acuerdo que crea la Coordinación de Prevención y Readaptación, como órgano desconcentrado de la Secretaría de Seguridad Pública.
El 14 de marzo de 2003, mediante dictamen No. SA/DDA/009/2003, se transfiere el Centro de Diagnóstico y Tratamiento de Menores “Villa crisol” y el Consejo de Menores, de la Secretaría de Gobierno, a la Secretaría de Seguridad Pública.El 01 de junio de 2003, mediante dictamen No. SA/DDA/020/2003, se fortalece el Centro de Readaptación Social Nº 14 de Cintalapa.
El 16 de marzo de 2004, mediante dictamen No. SA/SUBAPyDA/DDA/085/2004, se reorganiza y cambia de denominación la Dirección de la Policía de Caminos y Tránsito a Subdirección de la Policía de Caminos; así mismo se incorpora a esta Secretaría y cambia de denominación la Coordinación General de Transporte, Tránsito y Vialidad, procedente de la Secretaría de Desarrollo Económico.
El 27 de septiembre de 2005, mediante dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/315/2005, se crea la Unidad de Apoyo Administrativo con sus áreas correspondientes; así como el área de Archivo de Concesiones en la Coordinación de Transporte, Tránsito y Vialidad.El 10 de enero de 2006, mediante dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/018/2006, se crea el Área de lo Contencioso Administrativo, de la Unidad de Apoyo Jurídico; y cambia de denominación la Subdirección Operativa a Coordinación Operativa dependiente de la Dirección de la Policía Auxiliar y Servicios Privados de Seguridad.
EL 08 de Junio de 2006, mediante el dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/208/2006, se da la reestructuración orgánica de la Coordinación de Prevención y Readaptación Social con vigencia a partir del 16 de junio de 2006. En el cual de cancelan los Centros de Readaptación Social No. 1, 2 y 6 de Tuxtla Gutiérrez.
El 13 de julio de 2006, mediante el dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/249/2006, cambia de denominación la Oficina del C. Coordinador a Oficina del C. Coordinador de Transporte, Tránsito y Vialidad, se cancelan las delegaciones de tránsito de Pueblo Nuevo, Altamirano y Tuxtla Chico, y se crea la Subdelegación de Tránsito Benemérito de las Américas.
El 11 de agosto de 2006, mediante el dictamen No. SA/SUBDAT/DDA/276/2006, se autoriza la creación del órgano administrativo Certificación y Registro Médico del Personal Operativo, y cambio de denominación del Escuadrón de Rescate y Urgencias Médicas a Grupo de Respuesta Inmediata.